在工程审计中，审计的目的多方面而复杂，涵盖了监督财政、财务收支的合法性、项目信息的真实性，审查建设项目实施过程的合法性，监督建设单位内控制度的建立，具备预警作用，以及审计工程项目的绩效状况。首要目标是监督财政合法性和项目信息的真实性。通过审计，能够对工程项目信息进行鉴证，判断建设成本是否真实、可靠，防范挪用、挤占建设资金等违规行为。审计关注建设项目实施过程的合法性，审查项目在实施期间是否遵守相关法规，确保项目立项、实施程序合规合法。审计还致力于监督建设单位内控制度的建立，审查其是否健全，关注关键业务流程和管理流程的完备性，以及各控制点的职责分工、监督评价、绩效考核制度等。预警作用是工程审计的重要功能之一，通过全过程跟踪审计，审计机关能够及时发现工程项目管理中的漏洞和违规问题，提出预警建议，促使被审计单位采取有效措施，防范管理漏洞，降低各种风险的发生。审计关注工程项目的绩效状况，包括效率审计和效益审计。效率审计关注建设活动是否按照投资计划和进度、设计质量标准和规范要求进行，而效益审计注重确保投资项目达到预期的质量、速度和效益目标。综合而言，工程审计通过多维度的监督和评估，旨在推动工程建设的规范化、合法化，确保项目的合规推进和取得预期效益。
工程审计的多重目的体现了其在整个项目生命周期中的全面性和深入性。具体来说，审计通过监督财政和财务收支的合法性，以及对项目信息真实性的审查，保障了整个工程项目的经济合规性。审计实施过程的合法性审查，涵盖了项目法人设立是否符合要求、手续是否完备等方面，确保了工程项目在实施中遵循相关法规，有效规避了违法风险。
审计注重监督建设单位内控制度的建立，关注业务流程和管理流程的完整性，明确各个控制点的职责分工，有助于提高项目管理的规范性和效率。预警作用使审计不仅成为事后监督的手段，更是在事前发现问题、提出建议，促使相关单位及时改进和完善管理制度。这种前瞻性的审计机制有助于降低工程项目各类风险，确保项目正常推进。
工程审计对项目的绩效状况进行审查，包括效率审计和效益审计，着重考察整个建设活动的经济效益、质量标准和进度。通过审计，可以及时发现和解决建设过程中的问题，确保项目能够达到预期的质量、速度和效益目标。这种全方位、全过程的审计机制，有助于推动工程建设项目的科学管理和可持续发展。
总体而言，工程审计的五个目的共同构建了一个全面、系统的审计框架，通过对项目各个环节的审查，确保了项目合法合规推进，提升了管理水平和绩效效能。审计不再仅仅是对财务数据的核查，更是一项全面服务于项目建设和管理的重要工具。
