企业所得税在分公司中的缴纳方式有独立核算和汇总申报两种。对于独立核算的分公司，其纳税可以选择独立申报，完全按照独立的组织进行企业所得税的纳税工作。无论分公司处于亏损还是盈利，都不会对总公司的财务报表产生影响。另一种方式是汇总申报，无论分公司是独立核算还是非独立核算，都可以选择与总公司一同申报企业所得税。在这种方式下，总公司与分公司按照统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的原则进行纳税。
具体而言，总公司与分公司汇总计算相关数据后，按照收入、总资产和工资总额的权重，分摊各自需要承担的企业所得税。然后，分公司与总公司在当地预缴，最后由总公司进行汇缴清算。总的分摊办法是总公司承担50%，分支机构分摊50%。对于总公司的50%来说，其中的一半需要就地缴纳，另一半需要全额缴入中央国库。分公司则按照权重再次进行分摊。
举例说明，假设总公司为甲公司，分公司有乙公司和丙公司。根据各自的营业收入、职工薪酬和资产总额的权重分摊企业所得税。这样，每个分公司根据其具体情况预缴企业所得税，确保按照相关比例合理分配负担。这一灵活而科学的纳税方式，既有利于总公司的整体财务管理，又为各个分支机构提供了个性化的纳税方案。
在这个纳税的复杂过程中，总公司与分公司之间的协调和分工显得尤为重要。在总公司的领导下，分公司在独立核算和纳税申报中充分发挥着各自的角色。独立核算的分公司有着自主权，能够按照自身的经济状况独立进行企业所得税的纳税工作，保障了其财务独立性。
而对于汇总申报的分公司，作为整个企业的一部分，需在总公司的指导下按照一定的权重进行纳税。这种方式不仅能够体现各个分公司的经济贡献，还能够在整个企业范围内进行统一的财务管理。总公司与分公司通过分级管理，统一计算和财政调库等方式，形成了一套完整的纳税体系。
在实际操作中，总公司作为管理机构，既要承担纳税的一部分，也需要将分公司的纳税情况纳入整体考量。这需要对每个分公司的财务数据进行详细的权重分析，确保分摊的企业所得税既公平又准确。这就要求各级财务部门高效运作，及时统计并核对相关数据。
总公司与分公司的协作与分工使得整个企业所得税的纳税工作变得有序而高效。各个分支机构在总公司的统一管理下，能够在满足法规要求的更好地发挥自身的经济效益。这种合理的分税制度既有利于企业整体财务的稳健运营，又能够满足各个分公司的独立需求。
分公司企业所得税的缴纳不再是单一的模式，而是根据企业的实际情况采取不同的纳税方式。总公司与分公司的密切协作，既充分尊重了各个分公司的独立性，又确保了整个企业在财务管理上的有序运作。这一合理的纳税安排有助于企业在纷繁复杂的税收体系中保持良好的财务状况。
